Nas décadas que antecedem a abertura do Museu, em Abril de 1961, D. Francisco de Sousa Botelho e Albuquerque empreende uma recuperação profunda da Casa, cujo estado de degradação havia avançado rapidamente, e desenha um plano paisagístico que transformará o seu enquadramento e o olhar que sobre ela deitamos. Começa pela transformação dos jardins a nascente, sobretudo os do parterre inferior, encomendados a personalidades com linguagens e percursos diversos. Ainda nos anos 40, Gomes de Amorim desenha um novo jardim neobarroco, à semelhança do que havia construído anos antes por encomenda da Condessa de Mangualde, e António Lino desenha os Jardins de Água, síntese entre uma linguagem modernista e a necessidade prática de criar um depósito de segurança, em caso de incêndio. Na década seguinte, o pintor Paulo Bensliman, presença constante na Casa, reinventa o jardim barroco sob uma perspetiva minimal e propõe o Jardim das Coroas. Como elemento estruturante deste conjunto, D. Francisco imagina e faz construir o majestático túnel de cedros, verdadeiro caminho fora do tempo. Mas é no início dos anos sessenta que se dá a mais surpreendente reescrita desta paisagem. Entre 1960 e 1961, Gonçalo Ribeiro Telles, figura maior da primeira geração de Arquitetos Paisagistas, já envolvido no processo que conduziria à construção, poucos anos depois, dos Jardins da Fundação Calouste Gulbenkian, é chamado por D. Francisco para reimaginar o enquadramento da fachada principal da Casa. O resultado é um frondoso parque arbóreo, que reforça a ideia de inscrição da arquitetura num espaço natural e cria um genial jogo de ocultação, a propor ao visitante que tome o caminho de entrada como transição para outra dimensão do espaço e do tempo e só depois o deixa deparar-se com o cenário deslumbrante das fachadas da Casa e da Capela refletidos num vasto espelho de água, cujo desenho modernista reforça surpreendentemente o efeito barroco do conjunto.